Fraunhofer FOKUS pflegt mit Universitäten und weiteren Forschungseinrichtungen intensive Partnerschaften. Kontakte bestehen insbesondere zum Institut für Softwaretechnik und Theoretische Informatik an der TU-Berlin und zum Institut für Informatik an der Humboldt-Universität. Darüber hinaus gibt es gemeinsame Projekte mit Forschungseinrichtungen in anderen deutschen Städten und in Europa, Asien, Afrika sowie Nord- und Südamerika.

Mit anderen Instituten der Fraunhofer-Gesellschaft arbeitet Fraunhofer FOKUS eng zusammen und kooperiert dafür in folgenden Allianzen und Verbünden:

Das Weizenbaum-Institut steht für exzellente, unabhängige, interdisziplinäre und grundlagenorientierte Digitalisierungsforschung. Es stellt Politik, Wirtschaft und Zivilgesellschaft fundierte Erkenntnisse und wertebasierte Handlungsempfehlungen zur Verfügung. So trägt es dazu bei, dass Digitalisierung und Vernetzung nicht nur besser verstanden, sondern auch nachhaltig, selbstbestimmt und verantwortungsvoll gestaltet werden können.

Getragen wird es von einem Forschungsverbund aus Berlin und Brandenburg, dem neben der Freien Universität Berlin, der Humboldt-Universität zu Berlin, der Technischen Universität Berlin, der Universität der Künste Berlin und der Universität Potsdam auch das Fraunhofer-Institut für Offene Kommunikationssysteme (FOKUS) und das Wissenschaftszentrum Berlin für Sozialforschung (WZB) angehören.

Das Weizenbaum Institut wurde im Jahr 2017 gegründet und wird vom Bundesministerium für Bildung und Forschung sowie dem Land Berlin gefördert. Benannt wurde es nach dem deutsch-amerikanischen Informatikpionier und -kritiker Joseph Weizenbaum.