Fraunhofer FOKUS ist mit folgenden Lehrstühlen an Universitäten eingebunden: 

TU Berlin

• Fachgebiet Verteilte Offene Systeme, Prof. Dr. Manfred Hauswirth
• Fachgebiet Architekturen der Vermittlungsknoten, Prof. Dr. Thomas Magedanz

FU Berlin

• Institut für Informatik, Fachgebiet »Semantische Datenintelligenz«, AG Corporate Semantic Web, Prof. Dr. Adrian Paschke
• Institut für Informatik, AG Datenbanken und Informationssysteme, Prof. Dr. Agnès Voisard
  

HU Berlin

• Forschungseinheit Spezifikation, Verifikation und Testtheorie, Prof. Dr. Holger Schlingloff

Hochschule für Technik und Wirtschaft Berlin

• Arbeitsgebiet Wirtschaftsinformatik, Prof. Dr. Ulrich Meissen
  

Enge Forschungskooperationen bestehen darüber hinaus mit:

• Berliner Hochschule für Technik
• Hochschule für Technik und Wirtschaft Berlin
• Alexander von Humboldt Institut für Internet und Gesellschaft
• Universität Potsdam
• Hochschule Aschaffenburg
• Zeppelin-Universität Friedrichshafen
• Jade Hochschule Wilhelmshaven
• design akademie berlin SRH Hochschule für Kommunikation und Design